使用固定角度的離心機并且沒有自由搖擺的離心管時，應遵循上述程序，但離心管需要從頂部填充1英寸左右，最后旋轉時不添加蓋玻片。當最后的離心步驟完成時，將試管小心地放置在試管架中。使用移液管輕輕地將額外的漂浮溶液沿管的側壁加進去，同時盡可能少地擾亂糞便內容物。出現(xiàn)凸彎月面并在頂部放置蓋玻片。放置10min。吧蓋玻片取下放置于載玻片上，并按照步驟8中所述進行檢查。

由于對腹瀉犬貓進行糞便腸道檢查的適應癥定義不清，導致不加區(qū)別地測試和結果誤解。艱難梭狀芽胞桿菌、產氣莢膜梭菌、彎曲桿菌屬和沙門氏菌屬的糞便培養(yǎng)可能耗時且不敏感。另外，分離假定的細菌腸病原體并不表示因果關系。作者不鼓勵使用細菌培養(yǎng)分離產氣莢膜梭狀芽胞桿菌和艱難梭狀芽胞桿菌，因為兩種腸病原體分別基于腸毒素和毒素的檢測而不常與疾病相關，所述有機體具有可疑的致病性，分離可能需要長達72h。大多數(shù)臨床醫(yī)師喜歡使用實時PCR檢測沙門氏菌屬以及用于區(qū)分非致病性彎曲桿菌屬致病的病原體。大多數(shù)區(qū)域性獸醫(yī)參考實驗室能夠使用基于分子的方法來區(qū)分彎曲桿菌屬。

診斷賈第蟲屬感染一般通過糞便漂浮法，滴片法和糞便抗原檢測（ELISA或DFA）的結合診斷。由于糞便中的PCR抑制劑，賈第蟲的糞便PCR檢測可能有假陰性結果，并且PCR不應該用作該生物體的篩選工具。常規(guī)進行PCR的大型商業(yè)參考實驗室已納入大量對照組以確保操作中每一步的質量：定量DNA / RNA對照組以評估每個臨床樣品的質量，提取對照組每個DNA / RNA提取循環(huán)以確保沒有污染，和內部陽性和陰性對照以驗證每個實時PCR檢測的最佳性能和沒有污染。賈第蟲屬PCR檢測的主要適應癥是用于確定感染物種是否是人畜共患病集合物。后者測定可以在科羅拉多州立大學獸醫(yī)診斷實驗室（http://dLab.colostate.edu/）進行。這種PCR檢測不同于在商業(yè)參考實驗室進行的貓腹瀉實時PCR檢測（IDEXX Laboratories，Westbrook，Maine）或貓胃腸道快速PCR檢測（Antech Diagnostics，Irvine，California）。PCR可用于診斷幼貓隱孢子蟲屬，然而作者更喜歡采用DFA檢測可以在熒光顯微鏡下直接觀察卵囊。C. felis和C. canis的檢測并不能證明誰是引起臨床疾病的原因。糞便PCR檢測推薦用于診斷貓三毛滴蟲感染。然而，貓三毛滴蟲的DNA可以在健康貓攜帶者中檢測到，所以陽性結果必須結合動物病史，體檢檢查和環(huán)境進行解釋。PCR是檢測沙門氏菌屬和彎曲桿菌屬DNA的敏感方法，但如前所述，陽性結果并不一定需要抗生素治療。在貓中，糞便PCR檢測梭菌屬的陽性預測值低，最好與毒素免疫分析結合使用以提高診斷率。逆轉錄酶-PCR用于檢測糞便中的冠狀病毒RNA，然而陽性檢測結果并不能區(qū)分FECV和FIP誘導菌株，并且健康非腹瀉貓的冠狀病毒發(fā)病率很高。

臨床醫(yī)師有責任意識到每個糞便診斷測試的局限性和益處，并認識到僅僅檢測糞便中假定的腸病原體的DNA或檢測賈第鞭毛蟲屬包囊或隱孢子蟲屬卵囊并不能說明因果關系。應該認識到，一只幼貓表現(xiàn)出結腸炎跡象（里急后重，便血，糞便黏液增加，糞便量小，頻率明顯增加）并且糞便漂浮或ELISA檢測證明賈第鞭毛蟲屬感染，這只貓應該還有另一個引起結腸炎癥狀的原因，因為賈第鞭毛蟲是一種小腸病原體。應進一步調查小貓結腸炎的已知病因（例如三毛滴蟲、彎曲桿菌屬、產氣莢膜梭菌、艱難梭狀桿菌和食物不耐受）。